유키오가 메피스토에게 총을 쏜 혐의로 구속되었다. 유키오의 눈에 대해서도 알게 된 린은, 유키오와 같이 기사단에서 도망치기로 결심하고 친구들과 아마이몬의 힘도 빌려 유키오를 구출해 냈다. 총격에 의해 큰 대미지을 입은 메피스토는, 빙의체를 유지하기 위해 인공 게헨나 게이트에 쳐놓았던 결계를 포기하기로 결심했다. 이에 의해 게이트는 완전히 열렸고, 대량의 악마가 출현. 앗시야는 게헨나의 공기에 뒤덮이게 되었는데.

갖가지 감정에 짓눌린 유키오가 고른 수단을 막은 것은 사탄이었다. 시에미에게 유키오에 대해 들은 린은, 유키오를 찾기 위해 기숙사를 뛰쳐나왔다. 그리고 악마의 움직임이 활성화됨에 따라 물질계도 더욱 혼란에 빠졌다. 수상 관저로 소집된 메피스토는 총리와 함께 지금까지 사람들에게 인지되지 않았던 악마의 존재를 공표하는 기자회견을 진행했지만, 그 자리에 누군가가 있었는데.

도심지에 상급 악마가 출현해 엑소시스트들은 이를 대응하느라 바빠졌고, 이케부쿠로에서는 슈라가 진두지휘를 하고 있었다. 마장을 입어서 마물을 보는 게 가능해진 인간들이 늘어남에 따라 세계는 혼란에 빠져들었다. 같은 시각, 유키오는 스구로를 총으로 위협해 라이트닝의 조사 내용을 들으려 했다. 시마의 충고도 귀담아듣지 않고 점점 더 고립되어 갔던 유키오는, 임무를 위해 도쿄로 돌아와 라이트닝과 조우했는데.

자신의 출생의 비밀을 알고 싶은 마음이 점점 강해져 가는 유키오와, 알 필요 없다고 생각하는 린. 서로의 생각이 엇갈리는 가운데, 린과 그의 친구들은 시마 쥬조와 호죠 마무시의 결혼식에 참석하기 위해 교토로 향했다. 유키오는 주변 사람들에 대해 평소대로의 행동하는 모습을 보였지만, 이에 린은 위화감을 느꼈다. 한편 조사를 재개한 라이트닝은 13호 섹션의 진상에 다가가기 위해, 당시의 관계자로서 이름이 나왔던 드랙 드래그레스크와 접촉했는데.

푸른 밤 직후 13호 섹션의 모습을 보고, 메피스토로부터 그곳에서 진행된 연구의 진상을 듣게 된 라이트닝과 스구로. 라이트닝은 정십자 기사단 바티칸 본부에 있는 어떤 장소로 향했다. 한편 테이머를 목표로 하던 시에미가 갑자기 인정 시험을 포기하고 학원에서 나가겠다는 의사를 표했다. 이에 린과 유키오가 놀란 가운데, 시에미는 크리스마스 겸 생일 파티를 위해 의욕을 불태우고 있었는데.

푸른 밤에 대해서 조사를 진행하는 가운데, 라이트닝은 세 사람의 이름에 주목했다. 푸른 밤 이후에 정십자 기사단 일본 지부에서 이직한 그 세 사람은 수도사가 되어서 남십자 남자 수도원, 즉 오쿠무라 형제가 자랐던 장소에서 함께 지내고 있었다. 당시의 이야기를 직접 듣기 위해 라이트닝과 스구로는 수도원에 방문했고, 입을 열려 하지 않는 그들을 상대로 강경 수단도 마다하지 않는 라이트닝은 점점 푸른 밤의 수수께끼에 다가가기 시작했는데.

아오모리에서의 사건이 마무리되고 안정을 되찾기 시작한 정십자 기사단 일본 지부. 라이트닝은 스구로와 함께 일루미너티에 관련된 조사를 시작했다. 라이트닝은 일루미너티, 그리고 '푸른 밤'과 연결되는 무언가가 일본 지부 안에 있다고 점찍고 있었다. 한편 린에게 고백을 받은 시에미는 연애 감정으로서의 호감과 친구로서의 호감의 차이를 알지 못해 고민하고 있었고, 그런 그녀를 보다 못한 이즈모가 어떤 제안을 했는데.

유키오의 기지로 하치로를 속이고, 슈라와의 계약을 파기하게 만드는 데 성공한 린 일행. 하지만 분노에 날뛰며 폭주하는 하치로는 다시 한번 슈라를 붙잡아 얼어붙은 호수로 향했다. 불사인 하치로가 중얼거린 '죽고 싶다'는 소원에, 슈라는 호수 깊은 곳에서 영원히 함께 잠들자며 그에게 다가붙었다. 호수에 가라앉는 가운데, 슈라의 머릿속에 떠오른 건 과거에 후지모토 시로와 지냈었던 날들의 기억이었는데.

하치로와 슈라의 선조인 키리가쿠레 타츠코의 계약으로 인해, 힘을 얻는 대신 대대로 30살에 죽는 것이 결정되어 있었다. 슈라는 자신이 짊어지고 있는 운명에 대해 린과 유키오에게 말했다. 슈라는 아무런 미련도 없다는 듯이 말했지만, 이에 납득할 수 없는 린은 하치로를 쓰러뜨리자고 제안했다. 하지만 슈라가 하치로에게 끌려가고 말았다. 구출을 위해 린과 유키오가 하치로가 있는 곳으로 향했지만, 그곳에는 하치로의 최면 능력에 조종당하는 슈라가 있었는데.

슈라가 갑자기 모습을 감췄다. 그녀의 행동 이력에서 슈라가 자신의 고향인 아오모리에 있을 가능성이 높다고 추측한 메피스토는, 린과 유키오에게 현지에서 그녀를 수색할 것을 명했다. 두 사람은 조사 끝에 아오모리의 토와다 호수에 다다랐지만... 슈라는 호수를 중심으로 넓은 영역을 가진 강력한 히드라, 하치로타로 오오미카미와 대치 중이었다. 하치로는 자신의 권속인 뱀들과 함께 슈라에게 자신과 한 약속을 지키라며 다가왔는데.

자신의 눈에 이변이 발생한 이후 유키오는 그 사실을 주변으로부터 숨긴 채 두려워했지만, 그 눈에 발현한 힘은 대체 무엇인가 검증해 보기로 결심했다. 힘이 발현된 상황에는 '죽음을 앞둔 공포'라는 공통점이 있었다. 유키오는 생사를 건 위험한 수행에 전력으로 임했고... 한편, 린과 시에미는 단둘이서 어떤 임무에 임했다. 그 임무는 오래된 집에 발생한 악마를 퇴마한다는, 단순한 임무처럼 보였는데.

시마네에서 극동 연구소 제압에는 성공했지만 여전히 큰 위협인 일루미너티. 정십자 기사단은 대항책을 강구하기 위해 상층부에서 논의를 거듭했다. 한편 린을 비롯한 학생들에게 엑소시스트 인정 시험 실시가 앞당겨졌다는 소식이 전해졌다. 시마네에서의 일을 계기로 스구로는 엑소시스트가 될 이유를 잃어 고민했지만, 사대기사 라이트닝이 학원 강사 조력으로 부임하게 되었는데.